Het gebouw van Museum Het Prinsenhof is niet altijd een museum geweest. Het gebouw heeft vele functies gehad.
In 1884 werd een begin gemaakt met de restauratie van de Eetzaal en de Moordhal. Op 17 april 1887 ging het Rijksmuseum De Historische Zaal van het Prinsenhof open. Boven de Kamer van Charitate had de glazenier Jan Schouten van 1891 tot 1937 zijn atelier. In 1894 ontruimden de militairen de Kapittelzaal en in 1899 de verdieping boven de historische zaal, waar in 1906 het Gemeentemuseum kwam. In 1880 werd de kapel aan de Waalse Kerk geschonken.
Pas in 1925 was het complex weer helemaal in het bezit van de gemeente Delft, behalve de Waalse Kerk. In 1940 werd begonnen met een ingrijpende restauratie om het complex zijn zestiende-eeuwse uiterlijk terug te geven. De restauratie duurde tot 1948 maar werd pas helemaal afgerond in 1962.
Het Sint Agathaklooster
Het Prinsenhof is van oorsprong een deel van een klooster, gesticht in het begin van de vijftiende eeuw, door een zustergemeenschap.
In 1400 kochten de zusters een stenen huis en grond aan de Oude Delft. In de jaren daarna werden de aangrenzende huizen opgekocht tot aan de Schoolstraat. Op 12 december 1402 gaf het stadsbestuur toestemming het stenen huis van de zusters te doen besluiten, of wel af te schermen, te ommuren.
Op 30 april kreeg het complex de status van klooster, met als beschermheilige de martelares Sint Agatha.
In de loop van de vijftiende eeuw lag het kloostergebouw rondom een vierkante binnenplaats. Het vierkant werd gevormd door de kapel, haaks daarop de Kapittelzaal en weer haaks daarop de Schoolstraat. Om de hoek, langs de Schoolstraat en de Oude Delft lagen de eetzaal, de keuken, de slaapzalen en de andere vertrekken. Machtige keldergewelven onderkelderden de bouwwerken.
Tot aan de grote stadsbrand van 1536 werd het complex uitgebreid.
Na de brand volgde een ingrijpende renovatie.
Woonverblijf van Willem van Oranje
Op 27 juli 1572 koos het Delftse stadsbestuur de zijde van prins Willem van Oranje in de strijd tegen de Spaanse overheersing. Het klooster werd in beslag genomen door de gereformeerde bestuurders, die er een nieuwe bestemming voor moesten vinden. Wel mochten de zusters er blijven wonen. De laatste overleed in 1640 op honderdjarige leeftijd en werd begraven in de kloosterkapel.
In augustus 1572 verkoos prins Willem van Oranje het goed verdedigbare Delft als vestigingsplaats. Hij verbleef regelmatig in het kloostercomplex. In de kapel vernam de prins van het ontzet van Leiden. In dezelfde ruimte werd zijn dochter Louise Juliana in 1576 gedoopt. De prins had zijn slaap- annex ontvangstkamer (zeer gebruikelijk in die tijd) in de noordoosthoek van het gebouw op de eerste verdieping van het gastenkwartier, de huidige Prinsenkamer. Op 18 maart 1584 kwam er een nieuwe trap tussen de eetzaal en de bovenverdieping. Hier werd Oranje op 10 juli 1584 vermoord.
Wat gebeurde er daarna?
De Eetzaal diende nog steeds voor ontvangsten en werd in 1650 zelfs verfraaid met nieuwe schoorstenen en een plafondschildering van Leonard Bramer. Tot 1698 bood het complex gastvrijheid aan stadhouders, ambassadeurs en hoge gasten van het stadsbestuur.
De Kamer van Charitate, opgericht in 1597 ter verzorging van de armen, was gehuisvest in de vleugel aan de Schoolstraat (1614). Deze ruimte is nog immer intact. In de afgescheiden helft van de kapel kwamen in de loop der jaren, een kosterswoning en een lakenhal van de Merchant Adventures (tot 1635) en het gilde van lakenwevers en handelaren (vanaf 1645). De kapittelzaal werd een pakhuis. Het gastenkwartier werd een Saaihal (1658 tot 1818). Ten overvloede: saai is een fijn soort laken. Het apothekersgilde maakte ook gebruik van enkele vertrekken. Er kwam een muziekzaal en in 1776 kwam ook de Latijnse School in het complex terecht.
Tussen 1781 en 1900 diende het oude klooster herhaaldelijk als kazerne. En in de historische Eetzaal kwam de gymnastiekzaal.
